Il naquit de Noun, la personnification de l’océan primordial. Dans la genèse des dieux égyptiens, Atoum occupe la place du créateur. C’est lui qui de sa semence créera le premier couple divin, Chou et Tefnout, d’où descendront les principaux dieux de l’Égypte antique (la grande Ennéade).

Dieu d’Héliopolis ayant pour animaux sacrés l’anguille et l’ichneumon (ou le serpent et le lion selon les sources), il est représenté sous l’apparence d’un homme coiffé de la double couronne de Haute et Basse-Égypte et tenant dans les mains le sceptre Ouas et la croix ansée (Ankh).

À l’origine, Atoum est le dieu soleil, mais il perdra peu à peu son pouvoir au profit de Rê, qui finira par le remplacer dans le panthéon égyptien. Sous le nom de Rê-Atoum, il incarne le soleil au couchant.

Le taureau Mnévis (Mr-wr), choisi par les prêtres selon des critères tres stricts, était l’incarnation terrestre d’Atoum. Le taureau sacré etait gardé dans le temple d’Héliopolis et à sa mort il était enterré avec tous les honneurs.