Depuis la fin des années 1990, un nouveau courant islamiste s’affirme dans le cadre d’un « néo-fondamentalisme » terroriste. Il se développe dans les communautés musulmanes émigrées et déracinées, en Europe notamment.  Cette tendance diffuse (via les madrasa, des prêches enflammés, les sites Internet, la TV saoudienne et depuis peu des sites tel que Dailymotion ou l'ont peu voir des vidéos tournées par des groupes talibans lors d'attaques suicide ou de mise à mort) une même vision de l’islam, celle exportée par l’Arabie Saoudite dans les années 1970 : le wahhabisme.  Ce néo fondamentalisme donne la priorité à une lecture littérale et puritaine du Coran, récusant toute l’histoire musulmane postérieure aux temps du Prophète.

	De plus en plus de femme rejoigne les groupes terroristes
	Mollah Omar

Pour cette tendance fanatique, la charia constitue la norme de tous les comportements humains et sociaux. Il rejette donc toute forme de culture qui ne serait pas strictement religieuse (musique, littérature…). Pour cet islam radical, il est essentiel de définir la vraie Religion, et a contrario l’impiété, d’établir ce qui est licite et ce qui ne l’est pas. A cette fin, les ulémas multiplient les fatwas.  Particulièrement hostile au christianisme, au judaïsme, ce néo fondamentalisme prône la lutte contre les Etats-Unis et leurs alliés (Israël, les pays d’Europe de l’ouest).

C’est le réseau Al-Qaida (« la base ») d’Oussama Ben Laden  qui est à l’origine de l’internationalisation du mouvement au début des années 1980, autour notamment du « bureau des services » crée à Peshawar, au Pakistan (base arrière des moudjahiddins afghans).Il est possible de distinguer une première génération de militants d’Al-Qaida (dont Ben Laden) composée de gens originaires du Moyen Orient, partis en Afghanistan combattre l’URSS ; puis, à partir de 1992, apparaît un nouveau type de militants, souvent très occidentalisés, qui  utilisent l’anglais, les nouveaux media, se déplacent constamment dans leur lutte qui a pour terrain principal l’Occident ou la périphérie du Moyen-Orient (Tchétchénie, Bosnie, Cachemire) « ces militants sont l’expression d’un monde global. »

 De fait, ce mouvement se désintéresse du cadre de l'Etat-nation et agit à l'échelle mondiale.  La plupart des attentats revendiqués dans le monde par Al Quaida sont commis au nom de l'islam, sans qu’il y ait de réels « projets » politique précis derrière ces violences. Les Etats-Unis constituent une des cibles principales des attentats perpétrés par Al Quaida. Ben Laden reproche avant tout aux Américains d’avoir foulé le sol sacré de l’Arabie Saoudite lors de la guerre du Golfe. 

Il utilise les moyens de communication les plus modernes (internet, envois fréquents de vidéos aux grandes chaînes de télévisions, Al Jazeera notamment), afin d’assurer une médiatisation maximale à leurs actions (exemple les tours en feu sur toutes les chaînes de télévision le 11 septembre 2001). 

Ils sont à l’origine de la plupart des attentats commis depuis une dizaine d’années, partout dans le monde, avec des cibles choisies :  - attentats contre des symboles : de la puissance économique des EU avec la destruction des tours du Wall Trade Center le 11 septembre 2001 ; l’attaque contre le Pentagone visait la puissance militaire ; enfin le quatrième avion avait pour cible initiale la Maison Blanche, donc le cœur de la puissance politique. Attentat contre une synagogue à Djerba.  - Assassinats de personnalités, en raison de leur poids politique, de leurs conceptions incompatibles avec celles du radicalisme musulman : assassinat du commandant Massoud en Afghanistan ; du président tchétchène pro-russe, Akhmad Kadirov au printemps 2004; de journalistes.

-Le journaliste américain Daniel Pearl, assassiné en 2002 par un groupe pakistanais proche d'Al-Qaida. 

- Les terroristes prennent pour cibles les intérêts d’un pays : l'ambassade américaine au Kenya en 1998, le pétrolier français Limburg en 2002 au large des côtes du Yemen ; contre des ingénieurs français à Karachi.   La une d'El Pais le 12 mars 2004.

- Attentats aveugles qui visent des civils, afin de créer un climat de peur susceptible d’exercer une pression sur les dirigeants du pays visé : attentats contre les touristes occidentaux à Bali ; attentats de Casablanca, Madrid (mars 2004), Londres (juillet 2005).