La civilisation zapotèque est apparue vers l'an 650 avant J.-C., et s'est développée dans la vallée d'Oaxaca où son peuple s'établit vers l'an 300. Très avancée, elle essaima en de nombreux sites (plus de 200 ont été reconnus), dont le principal et le plus fameux est la monumentale cité de Monte Albán. Leurs tombes ont livré des urnes anthropomorphes en céramique, très caractéristiques, représentant des divinités dans un style ornemental très chargé.

Influencée par les Olmèques, le peuple de Teotihuacán, et les Mayas, cette civilisation disparue avec l'invasion des Mixtèques en 1520 après J.-C.

Aujourd'hui, cette ethnie amérindienne du Mexique (Etats d'Oaxaca, du Veracruz et du Chiapas) vit dans les régions montagneuses de la Sierra Madre del Sur. Elle est estimée à environ 230 000 personnes.