Les Perses n'appliquent pas à l'Égypte le régime de leur pays. Certes, la Vallée va devenir une satrapie, mais les rois de Suse vont régner sur l'Égypte en tant que pharaons, adoptant tous une titulature complète et continuant l'œuvre de leurs "prédécesseurs" égyptiens.

Les travaux entrepris par Cambyse II au Ouadi Hammamat ainsi que dans d'autres temples d'Égypte confirme cette politique de respect des sanctuaires et des cultes nationaux.Toutefois, Cambyse II tente en vain de s'emparer de la Nubie et de ses oasis.

Le roi fait compléter le percement du canal de Nékao II entre la mer Rouge et la Méditerranée et met en valeur les écoles de pensée égyptiennes.En 490, les Grecs défont les Perses à Marathon. Le Delta en profite pour se révolter en 486. Darius Ier meurt avant de pouvoir intervenir.

C'est Xerxès qui lui succède, mate la révolte et met son fils Achaiménès à la tête de la satrapie d'Égypte. La défaite de Xerxès à Salamine et son assassinat encourage de nouveau les Égyptiens à la révolte : ils passent aux actes sous le règne de son successeur, Artaxerxès Ier qui était monté sur le trône perse en 465.

Inaros, dynaste libyen fils du dernier Psammétique, regroupe les forces nationalistes éparses dans le Delta et se déclare roi. Athènes lui envoie une escadre pour l'aider à affronter les Perses qui malgré tout l'emportent et remplacent Achaiménès par Arsamès à la tête de la satrapie. La Grèce et la Perse font la paix et pendant une génération, le calme revient dans le pays.

Mais le feu qui couvait éclate après les troubles qui marquent la succession d'Artaxérès à Suse. Son successeur Darius II  prend le pouvoir en 425 et redonne vie à la politique de conciliation de Darius Ier.

Les cités grecques, tout particulièrement Sparte, encouragent le principal foyer de rébellion qui se trouve à Saïs. Amyrtée  se fait couronner pharaon l'année de la mort de Darius II et fonde la XXVIIIe dynastie dont il sera l'unique représentant. En moins de quatre ans, son pouvoir est reconnu jusqu'à Assouan.
La quasi-absence de réaction de Suse s'explique par la querelle de succession qui déchire les Perses à la mort de Darius II : une lutte fratricide entre Artaxerxès et Cyrus II.